バイキンマンたちは、アンパンマンの仲間と一緒に、おばけ屋敷の探検に出かけました。みどりいけのおばけが出るとの噂があり、みんなの心は期待と不安でいっぱいでした。「おばけなんて怖くない！」と強がるバイキンマンでしたが、実際に屋敷に足を踏み入れると、辺りは不気味な静けさに包まれていました。進むうちに、突然バギちゃんが「助けて！」と叫び声を上げました。なんと、おばけに捕まってしまったのです！「これは大変だ！任せて！」とバイキンマンは勇敢にも前に出ましたが、屋敷内はからくりだらけで、どの部屋から声が聞こえたのかわかりません。そこで彼らは、意を決して、おばけの正体を暴こうと決心します。あちこち探し回った末、黒いマントをまとった謎のおばけが現れました。「入ってきたのはお前たちか！」その声に驚きつつも、彼らは力を合わせてなんとか脱出します。